本产品是同时具有EB稳定性和SYBR Green I低毒性的新性核酸染料,其特点如下:
DNA或RNA浓度较高时还可以直接在日光下观察(需要将胶放在黑色背景下)。由于避免了UV对DNA的伤害,尤其适用于胶回收实验。
1:本产品可否用于RNA染色?
A: 可以,不论RNA是在甲醛变性胶中电泳,还是在普通的SuperBuffer-2、TBE或TAE胶中电泳,RNA染色后在300nm下都跟DNA一样呈绿色,
2:本产品是否可以加入上样液中进行染色?
A:不行,本产品只能直接加入凝胶中进行染色或电泳后再染色。
3:为何前端(靠近正极)的DNA条带很淡或根本看不见?
A:跟EB一样,电泳时本产品朝负极方向移动,当前端的DNA(最小片段)进入没有本产品的区域时,已经结合的染料分子会逐渐从DNA分子上脱落,所以条带会变淡或根本看不见。解决办法之一是缩短电泳时间或电泳后再染色;之二是在每100 mL电泳缓冲液中补加3-5uL染料。
4:本产品在哪种缓冲液中效果最好?
A:本产品在不同缓冲液中背景荧光强度不同,从弱到强的顺序是:SuperBuffer-2、TBE、TAE。在背景较强的缓冲液体中,可以适当降低染料的用量,比如100mL胶中加3-5 uL。最佳浓度需要稍做摸索。
5: 为何电泳后前面部分(靠近正极)的胶呈白色,后面的胶呈黑色?
A: 本产品带正电,电泳时往上走,胶的黑色部分是染料上移后留下的无染料胶。本产品在TAE中背景最强,可参考上个问题答案更换电泳液以降低背景值。
6:用SYBR染色的DNA在电泳时为何容易发生条带模糊和扭曲现象?
A:SYBR染料一般与DNA的小沟结合,但在常规电泳条件下该结合并不牢固,染料分子可以在标记的和未标记的DNA分子之间转移,使DNA分子的泳动速度时快(无染料结合时)时慢(有染料结合时),发生条带模糊和扭曲现象。嵌入型染料(如EB和本产品)与DNA结合牢固,则无此现象。
7:核酸染料是否都有毒性?
A:核酸染料对动物和人的毒性由多方面决定。一是染料的膜通透性,EB被归类为强诱变剂是由于其分子量较小,容易进入细胞内。而EB二聚体Ethidium Homodimer(EthD)嵌入DNA的能力比EB强上千倍,但毒性很小,就是由于其分子比EB大,不能透过细胞膜,所以毒性反而更低。SYBR系列染料虽然低毒,但由于一般都溶于DMSO(因为容易水解,不能使用水溶液做溶剂)中,所以如果溅到皮肤表面,更容易进入皮肤。二是染料是否容易被人体降解。比如EB在体外就很难降解,一旦进入体内能在人体内残留的时间可能比较长,增加了毒性;而SYBR Green I等染料(也能以嵌入方式与DNA结合)由于不稳定,比较容易自然降解,所以毒性自然较低。三是降解产物是否有毒性,比如用很多方法(如强碱法)降解EB得到的产物有的比EB毒性更大,而有的染料降解产物毒性却低很多,甚至无毒。四是染料进入细胞核以后是否能跟DNA结合,很多实验结果显示即使EB染料也很难嵌入型到染色体中,因为染色体中的DNA已经紧密地与各种组蛋白结合。五是细胞修复突变的能力,正常人体都有很强的修复突变的能力,如修复日光中UV诱导的DNA突变。总之,一种DNA染料的毒性强弱是多种因素综合的结果。